Багануур дүүргийн прокурорын газар нь Бүгд Найрамдах Монгол Ард Улсын Ардын Их хурлын тэргүүлэгчдийн 1980 оны 02 дугаар сарын 14-ний өдрийн 43 дугаар зарилгаар Улаанбаатар хотын Багануур хороог өргөтгөн район болгон өөрчилж, Багануур районы прокурорын газрыг байгуулжээ.

Мөн өдрөөс Багануур районы прокурор 1, ерөнхий хяналт эрхэлсэн туслах прокурор 1, хэрэг бүртгэлт, мөрдөн байцаалтын ажил эрхэлсэн туслах прокурор 1, мөрдөн байцаагч 1, нарийн бичгийн дарга 1, нийт 5 орон тоотойгоор үйл ажиллагаагаа эхэлсэн. 

Багануур дүүргийн прокурорын газар нь 46 жилийн хугацаанд Багануурын районы прокурор, Багануур дүүргийн прокурорын газар, Дүүргийн 3 дугаар прокурорын газар гэж нэршил нь өөрчлөгдөж байсан бөгөөд Монгол Улсын Их Хурлын 2015 оны 07 дугаар сарын 02-ны өдрийн 65 дугаар тогтоолоор прокурорын байгууллагын бүтэц, зохион байгуулалтыг шинэчлэн баталсантай холбогдуулан Монгол Улсын ерөнхий прокурорын 2015 оны 07 дугаар сарын 02-ны өдрийн А/77 дугаар тушаалаар Дүүргийн 3 дугаар прокурорын газар байсныг Нийслэлийн Багануур дүүргийн прокурорын газар болгон өөрчилсөн байна.

Багануур дүүргийн прокурорын газар прокурор, захиргаа үйлчилгээний ажилтан, туслах ажилтан зэрэг нийт 23 орон тоотойгоор үйл ажиллагаагаа явуулж байна.